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皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析 总被引:1,自引:1,他引:0
为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2(hyaluronan synthase 2,HAS2)基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点:位于外显子1的T221A错义突变(导致亮氨酸替换为赖氨酸)和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型(27.5%),且在皱皮香猪群体中紧密连锁(r2=0.253),而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪(P<0.05),A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪(P<0.01)。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异(P>0.05)。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。 相似文献
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为从基因组水平上探究香猪性成熟早、产仔数少、体型小的分子机理,本研究下载与香猪在繁殖和体型性状方面有明显差异的梅山猪、杜洛克猪的重测序数据作为参照,对26头香猪、24头梅山猪和24头杜洛克猪的重测序数据进行SNPs检测和等位基因频率差值分析,筛选香猪基因组外显子上与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs位点,并使用AS-PCR方法和Sanger测序方法统计其中8个SNPs位点的群体等位基因频率。最后,对含有高度分化SNPs位点的基因进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果显示,SNPs检测获得香猪基因组外显子上SNPs共236 710个,包括193个终止密码子丢失、1 238个终止密码子获得、90 945个错义SNPs和144 334个同义SNPs。得到1 046个香猪高度分化SNPs,包括429个错义SNPs、2个终止子丢失、6个终止子获得和609个同义SNPs,影响524个蛋白质编码基因;并发现X染色体上44-58 Mb的一段富含高度分化SNPs的热点区域。群体等位基因频率验证结果与重测序结果一致,鉴定了8个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs。对524个含有高度分化SNPs的基因进行GO和KEGG分析,富集到卵母细胞减数分裂、雌激素信号途径等繁殖相关通路;GO功能注释到细胞内雌激素受体信号、纤毛运动等繁殖相关条目,骨骼系统形态发生、骨骼发育、成骨细胞分化等体型相关条目。得到含有香猪高度分化SNPs的18个繁殖性状候选基因PTGFR、TRO、DNAH17、PKDREJ、KAT8、DNAI2、VDR、TEX14、QSOX1、AR、WNK3、ADCY3、SPEF1、MIGA2、SLC2A8、PSMF1、TBC1D20、IFT172和7个体型相关基因IBSP、NR6A1、HSPG2、TARS、PDZD2、FGF4、AMER1,可能是决定香猪性成熟早、产仔数少、体型小的关键基因。 相似文献
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紫花苜蓿根际丛枝菌根真菌与土壤理化性质的相关性研究 总被引:1,自引:0,他引:1
为调查山西省大同矿区紫花苜蓿草地中丛枝菌根真菌(AMF)与根际土壤性质之间的相关性,于2014年10月采集浑源县、南郊区、大同县、矿区4块样地中不同深度的紫花苜蓿根茎和根际土壤,并分析了紫花苜蓿的菌根侵染率以及土壤的理化性质。结果表明:4块样地中紫花苜蓿根部菌根侵染率均在70%以上;除大同县规律不明显以外,其它3块样地中菌根侵染率与孢子密度均表现出随着土层深度增加而降低的规律。分析总相关性得知,菌根侵染率与有机质、硝态氮、速效磷、易提取球囊霉素(EEG)和总球囊霉素(TEG)呈显著正相关性(P0.05);TEG和EEG均与菌根侵染率、有机质、硝态氮和速效磷呈极显著正相关(P0.01)。分析同土层各因素的相关性则发现,只有在20~30cm土层,菌根侵染率和孢子密度与硝态氮、速效磷、速效钾和EEG有显著相关性(P0.05)。以上结果说明,大同地区丛枝菌根真菌与紫花苜蓿可以形成良好的共生关系,菌根真菌对土壤营养成分具有重要的作用,尤其在20~30cm土层更有效。 相似文献
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以"日本金塔"、"赤峰板椒"、"改良佳线"3种制干辣椒为试材,从辣椒现蕾期开始,利用碳酸氢钠进行持续盐胁迫,分析3个品种的光合参数变化,探讨不同品种辣椒对持续盐胁迫的抗性反应。结果表明:持续盐胁迫下"改良佳线"的耐盐性较好,并且耐盐特征在处理早期即有表现;"日本金塔"的耐盐性次于"改良佳线",光合系统受到的胁迫程度较小;"赤峰板椒"的耐盐性较弱,长期盐胁迫下"赤峰板椒"光合系统受到较大的损伤;不同浓度盐处理结果表明,30mmol/L的盐浓度对3种辣椒的光合作用有一定的促进作用,60mmol/L的盐浓度对光合作用及荧光参数影响不显著,较高的盐浓度90mmol/L对3种辣椒的光合作用有明显的抑制作用。 相似文献
88.
根据Nicol的线性方程,利用分光光度计测试了一种偶氮与淀粉接枝共聚物在6种溶剂中的吸收光谱.结果表明,共聚物的吸收波长与溶剂的色散力、诱导力、偶极力有关系,由于这些作用力的相互影响,导致聚合物的吸收光谱发生"红移". 相似文献
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针对甘肃当归病害逐年加重态势, 采用田间随机区组试验, 分析比较70%噁霉灵WP?50%氯溴异氰尿酸WP和80%代森锰锌WP对当归主要病害防效及经济效益, 以期筛选出最佳防控药剂?结果表明:3种杀菌剂均能不同程度防治当归病害, 其中以50%氯溴异氰尿酸WP 1.86 g/L对褐斑病?麻口病防效最佳, 分别为70.38%~78.75%?84.48%~91.04%, 70%噁霉灵WP 0.34 g/L和80%代森锰锌WP 7.92 g/L次之, 对褐斑病防效分别为59.14%~63.72%?58.14%~62.84%, 对麻口病防效分别为78.61%~83.57%?78.97%~83.57%?50%氯溴异氰尿酸WP 1.86 g/L能很好地抑制当归抽薹, 抑制率达58.63%~63.15%?3种杀菌剂均能明显提高当归药材产量构成因子, 以80%代森锰锌WP 7.92 g/L处理增产增收效果最好, 两年平均增产量高达5 559.91 kg/hm2, 平均经济效益为194 136.65元/hm2, 但投入产出比最低, 为1∶480.63?50%氯溴异氰尿酸WP 1.86 g/L对当归病害防效及抽薹抑制率最高, 投入产出比为1∶634.02, 在此基础上综合考虑病害防效和经济效益, 50%氯溴异氰尿酸WP 1.86 g/L可作为生产上防控当归主要病害的主推药剂? 相似文献